Fondée en 1988, la Fédération des Moissons du Québec regroupait à l’époque les cinq premières banques alimentaires régionales du Québec : Moisson Montréal, Moisson Québec, Moisson Basses-Laurentides, Moisson Mauricie et Moisson Estrie.
Les Banques alimentaires du Québec est issue d’une première restructuration de la Fédération des Moissons du Québec, complétée en novembre 2002. Depuis 2005, un code de déontologie, auquel adhèrent tous les membres, assure l’engagement aux valeurs communes que sont notamment le respect, l’équité, la solidarité, la transparence, l’imputabilité et la subsidiarité. En janvier 2009, la raison sociale « Les Banques alimentaires du Québec » était enregistrée afin de mieux communiquer la réalité et le potentiel de développement de l’organisme.
Les Banques alimentaires du Québec veille au partage équitable des denrées entre ses membres Moissons à travers le Québec, s’assure de mettre en commun des ressources, de l'expertise et des informations afin de répondre de façon plus efficace aux Québécois en situation de pauvreté.